Часы ёкаев: Теневая сторона

События разворачиваются после четвертого фильма. Главный герой — одиннадцатилетний Кэйсукэ Амано, младший брат Нацумэ (оба — дети Кэйты Амано и Фумики Кодамы, знакомых по оригинальному аниме «Ёкай Вотч»). Кэйсукэ не верит ни в какую сверхъестественную чепуху. Но когда замечает, что Нацумэ часто возвращается домой поздно, он решает проследить за ней. К своему удивлению, Кэйсукэ обнаруживает, что сестра вместе с друзьями Тома и Акинори занимается изгнанием злых ёкаев и руководит детективным агентством по расследованию дел, связанных с ёкаями. После раскрытия секрета Нацумэ позволяет брату принимать участие в их приключениях. Вместе они расследуют загадочные происшествия и сражаются с опасными ёкаями, чтобы сохранить мир в родном городе.